Theo tập quán canh tác, khi thu hoạch lúa, nông dân thường giữ đất ngập nước để đất mềm nhằm thu hoạch xong sẽ dùng máy trục nhẹ một lần rồi sạ luôn. Cách làm này tuy giúp tiết kiệm được chi phí và rút ngắn thời gian làm đất nhưng dễ dẫn đến tình trạng lúa bị ngộ độc hữu cơ do trong gốc rạ có chứa nhiều thành phần hữu cơ rất khó phân hủy. Khi xuống giống quá nhanh, gốc rạ không đủ thời gian để phân hủy, thân và gốc lúa còn tươi bị vùi lấp ngay sau thu hoạch trong điều kiện yếm khí sẽ sinh ra các axit hữu cơ và các khí độc.

Triệu chứng chủ yếu và dễ nhận biết của hiện tượng ngộ độc hữu cơ, cây lùn, ít đẻ nhánh, các lá bị vàng xỉn màu, lá không có khuynh hướng xòe ngang mà dựng đứng lên, trên lá có vết bệnh đốm nâu hoặc lá có màu vàng. Cây lúa sinh trưởng và phát triển kém, năng suất thấp, thậm chí cây lụi đi và không cho thu hoạch nếu bị nặng và không được khắc phục đúng cách và kịp thời.

Để phòng ngừa và khắc phục hiện tượng ngộ độc hữu cơ cho ruộng lúa, bà con nông dân có thể áp dụng nhiều biện pháp, đơn giản và hữu hiệu nhất là giãn thời vụ xuống giống. Khi thu hoạch, cần cắt gần sát gốc lúa để thu bớt thân lá ra khỏi ruộng. Có thể cày lật đất và để ải khoảng 2 tuần, sau đó mới bơm nước và bừa trục, gieo giống. Nếu có điều kiện nên bón lót vôi hoặc 150-200kg lân thiên nhiên. Cũng có thể xuống giống ngay sau khi làm đất, nhưng để bảo đảm cho lúa không bị ngộ độc chất hữu cơ nên để đất trống ít nhất 2 tuần trước khi xuống giống. Để tránh mất đạm, nên cày vùi rạ rơm trong 1-2 tuần, cho nước ngập ít nhất 1 tuần, kế đó tháo hết nước ra rồi lấy nước mới vào sau đó đánh bùn trục và gieo sạ giống. Nếu thời gian xuống giống vụ mới phải tiến hành quá gấp thì hiện tượng ngộ độc chất hữu cơ trên cây lúa rất dễ xảy ra.

Trong điều kiện cần tranh thủ thời gian, có thể sử dụng các chế phẩm vi sinh chuyên dùng phun lên gốc rạ sau khi thu hoạch để giúp tăng nhanh quá trình phân hủy hữu cơ trong rơm rạ dư thừa. Hiện các nhà khoa học của Trường Đại học Cần Thơ đã phân lập được một số dòng nấm Trichoderma spp có khả năng phân hủy gốc rạ rất nhanh. Các kết quả thực nghiệm ở các tỉnh cho thấy hiệu quả rất rõ ràng của các dòng nấm trong việc hạn chế ngộ độc hữu cơ cho lúa.

Để sản xuất thành công vụ lúa mùa, cần áp dụng hài hòa các biện pháp thâm canh tổng hợp ngay từ đầu vụ như : Rút nước phơi ruộng ngay từ lúc sắp thu hoạch vụ hè thu nhằm làm đất thoáng khí, phòng ngừa ngộ độc hữu cơ tốt; áp dụng sạ hàng để có mật độ vừa phải, bón phân cân đối các loại dưỡng chất cần thiết nhất là lân và kali; thăm đồng thường xuyên để kịp thời phòng trừ sâu bệnh, bảo vệ tốt cây lúa… Áp dụng được các biện pháp tổng hợp như trên, chắc chắn sẽ tránh được ngộ độc hữu cơ và cây lúa vụ mùa sẽ có năng suất chất lượng cao hơn, giá thành sản xuất lúa thấp, bà con nông dân sẽ thu được nhiều lợi nhuận hơn.