Một trong những nội dung quan trọng trong tái cơ cấu ngành chăn nuôi là tổ chức liên kết theo chuỗi sản phẩm, từ khâu sản xuất đến thị trường.

Trong đó, doanh nghiệp đóng vai trò trung tâm liên kết với các hộ chăn nuôi thông qua các tổ chức như HTX, tổ hợp tác, hội, hiệp hội ngành hàng... Theo Cục Chăn nuôi, trong những giải pháp để khắc phục những hạn chế tồn tại của ngành, một giải pháp đang được xem như đột phá hiện nay là xây dựng mô hình liên kết sản xuất theo chuỗi giá trị. Để tăng thu nhập cho người chăn nuôi, giúp người tiêu dùng được sử dụng sản phẩm chất lượng và an toàn, cần xây dựng và tổ chức theo từng chuỗi giá trị, trong đó có sự tư vấn và giám sát từ khâu đầu vào sản xuất, giết mổ, tới khâu vạn chuyển, bảo quản, đóng gói và phân phối. Đồng thời phải có chiến lược quảng bá nhằm khai thác lợi thế của sản phẩm. Hiện nay đang có hai hình thức liên kết đặc trưng trong chăn nuôi: Liên kết theo đường đi của sản phẩm từ người sản xuất đến người tiêu dùng (liên kết dọc), và liên kết các đối tượng cùng tham gia trong quá trình sản xuất kinh doanh (liên kết ngang). Trong liên kết dọc, có thể chia ra làm 5 loại: + Thứ nhất là liên kết với DN (chăn nuôi gia công). Các DN cung ứng con giống, thức ăn, hỗ trợ kỹ thuật, thuốc thú y và bao tiêu toàn bộ sản phẩm. Người chăn nuôi xây dựng chuồng trại, hệ thống xử lý chất thải, tổ chức sản xuất và nhận tiền công theo hợp đồng ký kết. + Thứ hai là liên kết chăn nuôi - tiêu thụ: Giữa các trang trại chăn nuôi và thị trường tiêu thụ như siêu thị, nhà hàng, chợ, bếp ăn tập thể. + Thứ ba là liên kết chăn nuôi - tiêu thụ thực phẩm sạch, truy xuất nguồn gốc: Đây là chuỗi điển hình nhất hiện nay và được triển khai tại các tỉnh tham gia dự án LIFSAP. + Thứ tư là liên kết chăn nuôi 4 nhà, gồm: Cơ quan quản lý nhà nước, ngân hàng nông nghiệp, DN sản xuất thức ăn, người chăn nuôi và DN tiêu thụ sản phẩm. + Thứ năm là liên kết chăn nuôi - giết mổ - bán buôn: Đây là chuỗi trong một huyện, liên xã và phục vụ tiêu dùng trong huyện. Trong liên kết ngang, có thể chia làm 2 loại: + Thứ nhất là HTX dịch vụ chăn nuôi. + Thư hai là HTX với vai trò kết nối giữa người chăn nuôi và DN thu mua sản phẩm. Trên thực tế, liên kết sản xuất giữa người chăn nuôi và DN ở nước ta đã được thực hiện khá lâu nhưng thiếu tính bền vững khi các bên không thực hiện đầy đủ các cam kết, do chạy theo các lợi ích ngắn hạn trước mắt. Để giải quyết, việc gắn kết chặt chẽ giữa DN và người chăn nuôi trong chuỗi liên kết thời gian tới là vô cùng cần thiết. Chỉ khi làm tốt liên kết này, ngành chăn nuôi nước ta mới tạo bước chuyển đổi nhanh và bền vững. Việc phát triển chăn nuôi theo liên kết chuỗi giá trị sẽ tạo ra kênh tiêu thụ ổn định, từ đó thúc đẩy sản xuất nông nghiệp an toàn, trong đó có chăn nuôi an toàn sinh học. Trong bối cảnh VN hội nhập sâu, đặc biệt là TPP với nhiều cơ hội tự do thương mại, kèm theo là các yêu cầu khắt khe các sản phẩm có thương hiệu, chất lượng cao, an toàn sẽ chiếm ưu thế trên thị trường. Vì thế, ngành chăn nuôi VN bắt buộc phải đẩy nhanh liên kết để phát triển và hội nhập.