Những năm vừa qua, các nhà khoa học Việt Nam đã ứng dụng thành công nhiều chương trình phần mềm và phương pháp chọn giống hiện đại như REML, BLUP, PIGBLUP, VCE, PEST, ASREML, WOMBAT, ZPLAN+..., từ đó đã chọn tạo được nhiều dòng, giống vật nuôi có năng suất và chất lượng sản phẩm cao đáp ứng nhu cầu của sản xuất. Cùng với đó, các kỹ thuật di truyền phân tử đang dần được áp dụng rộng rãi vào công tác chọn giống lợn, bò. Việc áp dụng kỹ thuật di truyền phân tử phân lập và mã hóa các gen liên quan đến các tính trạng thịt, sữa ở Việt Nam là cần thiết và đã được triển khai nghiên cứu bởi các nhà khoa học thuộc Phòng thí nghiệm trọng điểm công nghệ tế bào động vật (Viện Chăn nuôi), Viện Công nghệ sinh học, Viện Khoa học kỹ thuật nông nghiệp miền Nam và Học Viện Nông nghiệp Việt Nam. Bước đầu các nhà khoa học đã xác định được ảnh hưởng của các gen Halothane, RN, MC4, HFABF đến tính trạng năng suất thịt lợn; các gen liên quan đến năng suất sinh sản như RNF4, RBP4 và IGF2 ở lợn; các gen liên quan đến năng suất và chất lượng sữa bò như PIT-1E2, gen GH liên quan đến sinh trưởng ở bò thịt…

Nghiên cứu, ứng dụng các giống lợn: trong công tác giống lợn, các cơ sở sản xuất giống lớn chủ yếu áp dụng chọn lọc theo giá trị kiểu hình, dựa trên chỉ số chọn lọc (SPI, MLI hay SLI). Việc ứng dụng di truyền phân tử trong chọn giống đang được thử nghiệm. Một số dòng, giống lợn đã được chọn lọc, lai tạo theo phương pháp truyền thống như Y-VCN, L-VCN, D-VCN, Pi-VCN; VCN-01, VCN-02... do Viện Chăn nuôi chọn tạo có năng suất tương đương với các giống lợn nhập ngoại của các công ty trong và ngoài nước (số con sơ sinh sống >11 con, số con cai sữa/ổ là 10,5 con, số lứa đẻ/nái/năm là 2,2-2,3 lứa). Đặc biệt, lợn nái VCN-08 được chọn lọc, nhân thuần từ giống lợn nhập ngoại có năng suất sinh sản rất cao: số con sơ sinh sống/ổ ≥15, số con cai sữa/ổ ≥12, khối lượng cai sữa/con (28 ngày tuổi) ≥5,4 kg/con, số lứa đẻ/nái/năm ≥2,3.

Nghiên cứu, ứng dụng các giống gia cầm: nhiều giống gà lông màu đã được Viện Chăn nuôi và một số doanh nghiệp chọn lọc, lai tạo thành công và đáp ứng được nhu cầu của sản xuất trong cả nước. Trong đó có thể kể đến một số dòng, giống như R1, R2, MD1, MD2, MD3, CK1, CK2, CK3, TP1, TP2, TP3, TP4; LV1, LV2, LV3… Các giống này đều có chất lượng thịt thơm ngon, năng suất trứng và thịt cao hơn giống xuất phát 30-35%. Các dòng vịt T5, T6, V2, V7, TC, TTC… là những dòng vịt siêu thịt, siêu trứng cho năng suất và chất lượng cao cũng đã được chọn lọc lai tạo thành công ở trong nước. Các giống vịt này cho năng suất trứng tăng 10% và năng suất thịt tăng 7-12% so với các dòng vịt trước đây. Đặc biệt, lần đầu tiên nước ta đã chọn lọc lai tạo được giống vịt biển thích ứng với điều kiện chăn nuôi vùng nước lợ và mặn. Đây là đối tượng vật nuôi phục vụ chăn nuôi có hiệu quả tại các tỉnh ven biển, hải đảo trong bối cảnh biến đổi khí hậu đang ngày càng ảnh hưởng tiêu cực đến sản xuất nông nghiệp. Bên cạnh đó, các dòng ngan siêu thịt như V5, V7, VS, RT9, RT11, R51 cũng được lai tạo trong nước có năng suất tương đương ngan Pháp nhập nội.

Nghiên cứu, ứng dụng các giống bò sữa, bò thịt: công tác chọn giống bò lâu nay vẫn dựa vào giá trị kiểu hình là chính như tăng trọng, tỷ lệ thịt xẻ, chất lượng sữa và tính trạng sinh sản. Các tổ hợp lai hướng sữa giữa bò Vàng lai Brahman với HF và Jersey được tạo ra cho năng suất sữa cao, thích nghi tốt với điều kiện khí hậu nóng ẩm của Việt Nam đã được nghiên cứu và áp dụng đại trà trong sản xuất. Việc kết hợp đánh giá tiềm năng năng suất sữa của bò đực giống qua đời sau đã giúp chọn lọc và xây dựng được đàn bò sữa hạt nhân cao sản với năng suất sữa cao (năng suất sữa tăng 2.200-2.500 kg/chu kỳ lên 5.200-5.500 kg/chu kỳ, tương đương năng suất bò sữa của Thái Lan và một số nước trong khu vực). Đặc biệt, gần đây tại Hà Nội và một số địa phương đã bước đầu ứng dụng thành công con lai BBB và bò lai Zebu để sản xuất bò thịt năng suất cao. Ngoài các phương pháp nhân giống truyền thống, thời gian qua các nhà khoa học nước ta đã ứng dụng thành công kỹ thuật cấy truyền phôi phân ly giới tính, thụ tinh trong ống nghiệm, cắt phôi để từ 1 phôi tạo ra 2 phôi.

Nghiên cứu, ứng dụng các giống dê, cừu: từ các nguồn gen nhập khẩu và các nguồn gen nội địa, các đơn vị nghiên cứu trong nước đã chọn tạo được một số giống dê, cừu có năng suất cao. Trong đó đáng chú ý là giống dê Boer-VCN có khối lượng trưởng thành 75-80 kg/con đực, 65-70 kg/con cái, tỷ lệ thịt xẻ đạt 50-55%; dê lai 3 máu BBC (Boer x Bách thảo x Cỏ) có khối lượng lúc trưởng thành đạt 100-120 kg, tỷ lệ thịt xẻ đạt 54-55%. Dê chuyên sữa Saanen được nuôi thích nghi và nhân thuần cho năng suất sữa trung bình 2,8-3,2 lít/ngày. Cùng với việc chọn tạo giống theo phương pháp truyền thống, các nhà khoa học đã hoàn thiện công nghệ thụ tinh nhân tạo cho dê, nâng cao hiệu quả chăn nuôi. Sau nhiều năm chọn lọc và nhân thuần, các nhà khoa học trong nước đã đưa ra thị trường 2 giống cừu Suffort và Dopper có năng suất cao hơn giống cừu Phan Rang, đồng thời cũng tạo ra tổ hợp lai giữa cừu Phan Rang và cừu nhập nội phục vụ chăn nuôi tại các tỉnh Nam Trung Bộ.

Trong những năm vừa qua, nhiều chính sách, chương trình giống vật nuôi đã được thực hiện và mang lại kết quả tích cực. Nhờ vậy, nhiều giống mới đã được nhập, thuần hoá, lai tạo thành công, góp phần tăng năng suất, chất lượng, đóng góp vào tăng trưởng của ngành chăn nuôi. Trong thời gian tới, ngành chăn nuôi nước ta sẽ phát triển theo định hướng từ chiều rộng sang chiều sâu; nâng cao giá trị gia tăng, hiệu quả, bền vững; đáp ứng nhu cầu trong nước và đẩy mạnh xuất khẩu; bảo vệ môi trường sinh thái. Để đạt các mục tiêu đó cần một chiến lược và giải pháp tổng thể. Trong đó, cần tiếp tục thực hiện chương trình giống vật nuôi quốc gia để đảm bảo tính liên tục, tập trung vào những giống vật nuôi chủ lực là lợn, gia cầm, bò sữa, bò thịt, trong đó hệ thống thụ tinh nhân tạo cần được chú trọng đặc biệt về cả đầu tư lẫn quản lý nhà nước. Khuyến khích và tạo điều kiện thuận lợi để các doanh nghiệp đầu tư nghiên cứu, ứng dụng giống vật nuôi có năng suất và chất lượng tốt. Ưu tiên chọn tạo các giống vật nuôi bản địa có ưu thế phục vụ cho phương thức chăn nuôi khác nhau nhằm tạo ra các sản phẩm chăn nuôi có sức cạnh tranh cao trên thị trường. Xây dựng chính sách mới về hỗ trợ các cơ sở nuôi giữ giống gốc theo hướng thị trường, trong đó có cơ chế hỗ trợ bình đẳng giữa cơ sở nhà nước và các cơ sở thuộc các thành phần kinh tế khác.