1. Vùng phân bố
– Ba ba hoa còn gọi là ba ba trơn, phân bố tự nhiên chủ yếu ở các vùng nước ngọt thuộc đồng bằng sông Hồng.

– Ba ba gai phân bố tự nhiên chủ yếu ở sông, suối, đầm hồ, miền núi phía Bắc.

– Lẹp suối, còn gọi là ba ba suối, thấy ở các suối nhỏ miền núi phía Bắc, số lượng ít hơn ba ba gai, cỡ nhỏ hơn hai loài ba ba trên.

– Cua đinh, phân bố tự nhiên ở vùng Tây Nguyên, Đông và Tây Nam bộ, dân các tỉnh phía Bắc gọi là ba ba Nam bộ, ba ba miền Nam để phân biệt với các loài ba ba ở phía Bắc.

– Tuy nhiên, việc dựa vào vùng phân bố để xác định không còn chính xác, mức độ chính xác không cao do nhiều loài đã được lai tạo chủ động, việc vận chuyển mua bán giữa vùng miền, …

2. Màu da và hoa văn trên bụng
– Để phân biệt các loài ba ba nhanh nhất việc dựa vào màu da bụng và hoa vân trên bụng của chúng.
+ Da bụng ba ba hoa: lúc nhỏ màu đỏ, khi lớn màu đỏ nhạt dần, khi đạt cỡ 2 kg trở lên gần như màu trắng. Trên nền da bụng điểm khoảng trên dưới 10 chấm đen to và đậm, vị trí từng chấm tương đối cố định, các chấm đen này loang to nhưng nhạt dần khi ba ba lớn đần, khi đạt cỡ trên 2 kg phải quan sát kỹ mới thấy rõ.
+ Da bụng ba ba gai: màu xám trắng, trên điểm rất nhiều chấm đen nhỏ, làm da bụng có màu xám đen lúc nhỏ và xám trắng lúc lớn.
+ Ba ba suối: da bụng màu vàng bóng, không có chấm đen.
+ Ba ba Nam bộ: da bụng màu trắng, không có chấm đen.

– Ngoài da bụng, có thể căn cứ vào các nốt sần trên lưng, trên diềm cổ, và trên cổ của ba ba để phân biệt chúng.

3. Lưu ý
Để phân biệt chính xác giữa các loài ba ba cách tốt nhất là theo tên khoa học của chúng. Ba ba hoa là Trionyx sinensis, ba ba gai là Tryonyx steinachderi, ba ba Nam bộ là Trionyx cartilagineus.