Cách trồng rau muống an toàn với việc bón phân, phun thuốc trừ sâu với thời gian cách ly hợp lý sẽ đảm bảo độ sạch của rau với sức khỏe con người. Về thời vụ trồng, tại khu vực phía Bắc thường gieo hạt từ tháng 2- 3 dương lịch. Còn khu vực phía Nam có thể gieo trồng quanh năm. Tuy nhiên lưu ý trong mùa mưa rau muống thường bị nhiễm bệnh hơn mùa khô. Có thể trồng rau muống trên nhiều loại đất khác nhau (trừ đất nhiễm phèn, mặn trên mức trung bình). Chọn đất thịt nhẹ, cát pha có độ pH từ 5,5 - 6,5, chủ động nước tưới, cách ly khu vực có chất thải công nghiệp từ 1 - 2km, với chất thải thành phố ít nhất 200m, cách xa quốc lộ ít nhất 100m, đất không tồn dư hoá chất độc hại, dư lượng kim loại nặng rất nhỏ. Đất trồng phải được cày bừa kỹ, san phẳng ruộng, làm sạch cỏ.

Trồng rau muống cạn lên liếp rộng 1,2 - 1,5m; cao 12 - 15cm, mùa mưa lên liếp cao hơn khoảng 20cm. Còn trồng rau muống nước thì chuẩn bị đất như trồng lúa. Trong mùa mưa trồng rau muống ở cạn có thể trồng trong nhà lưới hoặc che phủ bạt nylon để tránh đất cát bám lên cây và dễ nhiễm các loại sâu bệnh.

Tùy theo đất mà lượng bón khác nhau. Trung bình lượng phân bón như sau: Phân chuồng hoai mục 1,5 - 2 tấn/ha (540 - 720 kg/sào), phân đạm urê: 330kg/ha (12kg/sào), phân lân supe: 420 - 550kg/ha (12 - 20kg/sào), phân kali sunfat: 80 - 90kg/ha (3 - 3,3kg/sào).

Không thể dùng phân chuồng tươi, phân bắc tươi để bón, có thể dùng phân hữu cơ sinh học, hoặc phân rác chế biến thay thế phân chuồng với lượng bằng 1/3 lượng phân chuồng. Bón lót bằng toàn bộ phân chuồng + lân + 2kg urê + 1kg kali sunfat. Lượng phân còn lại được bón thúc làm nhiều lần, mỗi lần 0,5kg urê, 0,1 - 0,2kg kali sunfat cho 1 sào sau mỗi đợt thu hoạch.

Chú ý phòng trừ các sâu bệnh hại trên rau muống như sâu ba ba, sâu khoang, sâu xanh, rầy xám… Có thể bắt sâu bằng tay, ngắt ổ trứng, khi cần thiết mới phun thuốc trừ sâu. Khi sử dụng thuốc phải tuân theo đúng hướng dẫn trên nhãn bao bì của từng loại thuốc và thời gian cách ly từ 7 - 10 ngày.