Thức ăn dễ tiêu hóa là loại thức ăn càng mịn càng tốt, sau khi cá ăn thải ra phân trơn - nhầy, khi va vào xoáy nước của sục khí bị vỡ ra thành các hạt siêu nhỏ, vi khuẩn dị dưỡng nhanh chóng bám vào và phân hủy thành amoniac, việc còn lại là của vi khuẩn nitrat hóa đang sống ở thành bể, rễ cây, giá thể, đường ống… 

Một số nông dân nghĩ có thể bổ sung thêm bộ lọc để cho cá ăn loại thức ăn rẻ tiền. Nhưng nếu cho cá ăn quá nhiều hoặc cho ăn thức ăn khó tiêu hóa, lượng thức ăn thừa bám thành lớp vào rễ cây và quá lớn để vi khuẩn phân hủy.

Hệ thống lọc có thể giải quyết vấn đề này vì nó giữ lại và phân hủy chất thải hữu cơ trước khi đi ra ngoài, đồng thời cũng làm tăng nguy cơ bùng phát vi khuẩn kỵ khí, thay vào đó chỉ cần dùng thức ăn dễ tiêu hóa để giảm bớt rủi ro và các chi phí phát sinh.