Cả aquaponic và thủy canh đều là phương pháp trồng cây không cần sử dụng đất mà dùng giá thể hoặc trồng trực tiếp vào môi trường dinh dưỡng. Tuy nhiên điểm khác biệt nhất cũng chính là nguồn dinh dưỡng, ảnh hưởng đến toàn bộ chi phí, chất lượng và năng suất rau.

Nguồn dinh dưỡng thủy canh được pha chế từ nhiều loại hóa chất khác nhau, vì vậy cần khả năng kiểm soát tốt cùng với cách pha chế chính xác để đảm bảo an toàn. Trong khi đó aquaponic dùng chất thải cá để biến đổi thành dinh dưỡng cho rau, điều này cần thêm một hệ vi sinh, một vài bể cá, cùng với yêu cầu chất lượng nước phù hợp cho các loài sinh vật sống.

Nguồn nước trong thủy canh không cần đủ điều kiện để nuôi cá và vi khuẩn như trong aquaponic nên cũng ảnh hưởng đến phương pháp phòng trừ sâu bệnh. Thủy canh có thể nuôi trồng trong môi trường vô trùng, dễ dàng dùng thuốc trừ sâu hóa học, và cũng dễ áp dụng công nghệ tự động để sản xuất hàng loạt.

Trong khi đó aquaponic cần sự cân bằng giữa cá - vi sinh - rau nên chỉ áp dụng hạn chế một vài phương pháp trừ sâu sinh học, điều này cũng tạo ra sức hấp dẫn cho aquaponic như là một sản phẩm hữu cơ có lợi thế lớn khi tiếp cận với người tiêu dùng.

Do aquaponic là một hệ sinh thái cân bằng nên khả năng đề kháng với dịch nấm tốt hơn, nhất là pythium. Ngoài ra aquaponic mô phỏng tự nhiên nên có thể trồng nhiều loại cây khác nhau (hơn 300 loài).

Nguồn nước thủy canh phải thay mới sau một thời gian sử dụng để tránh tích tụ kim loại nặng. Aquaponic thì ngược lại, nước không cần phải thay mới và cũng rất khó để thay mới. Nông dân phải tìm cách duy trì và cân bằng pH, độ cứng, nhiệt độ, amoniac, nitrat… Đó cũng chính là điểm yếu của aquaponic vì những phương pháp để cân bằng khá phức tạp, yêu cầu phải hiểu biết về cây trồng và hành vi của cá, chỉ cần một trong các yếu tố này không ổn định có thể làm sụp đổ cả hệ thống, sau đó cần vài tháng để hệ ổn định trở lại.

Như đã nói, nguồn nước thủy canh phải thay mới sau một thời gian nên gây ra các vấn đề môi trường. Dung dịch thủy canh khá đắt nên một số nông dân có thể mua hoặc tự pha chế dung dịch kém chất lượng, bị nhiễm kim loại nặng.

Những điểm yếu của aquaponic thương mại:

• Hệ thống phức tạp hơn so với thủy canh. Nuôi cá yêu cầu thêm chi phí làm bể, hệ thống điện dự phòng, hệ thống làm mát hoặc sưởi ấm… thông thường làm chi phí aquaponic ban đầu lớn hơn thủy canh từ 30 – 50%.
• Thời gian hoàn thành chu kỳ chậm hơn nhiều so với thủy canh.Là thời gian hệ vi sinh phát triển tối đa, trong 6 tuần đầu cá và rau hầu như không phát triển được, sau đó thêm 12 tháng nữa hệ thống mới hoàn toàn ổn định.

  ---

  
• Người mới làm aquaponic thường gây ra các hậu quả nghiêm trọng, chủ yếu là thiếu kinh nghiệm để khắc phục sự cố. Một số vấn đề phải nhìn thấy và xử lý sớm như bệnh cá hay cụ thể một con cá bị chết nếu không lấy ra sớm thì có thể làm hỏng hệ vi sinh, sau đó là cá chết hàng loạt.
• Chi phí vận hành và đào tạo nhân viên cao hơn thủy canh do hệ thống phức tạp hơn, dễ bị sự cố hơn. Aquaponic cũng ngốn điện hơn thủy canh do cần sục khí và bơm nhiều hơn.

Một số chuyện thần thoại về aquaponic:

1. “Lợi nhuận aquaponic cao hơn thủy canh do bán được cá”. Thực tế người tiêu dùng ít ai chịu mua cá aquaponic cao hơn bên ngoài. Cá nuôi trong aquaponic hoàn toàn có thể bị lỗ do không cạnh tranh nổi với ngành thủy sản.
2. “Mua rau aquaponic chắc chắn an toàn hơn rau thủy canh” Người tiêu dùng thường tin tưởng và chịu chi hơn với rau aquaponic do rau trồng không thể phun thuốc trừ sâu hóa học và không bị nhiễm kim loại nặng. Nhưng lợi nhuận cao hơn đồng nghĩa với khả năng người bán trà trộn rau bẩn bên ngoài, sau đó bán với giá rau hữu cơ. Hơn hết là đạo đức nghề nghiệp của nông dân và kiến thức để trở thành người tiêu dùng thông minh.