Cá bị bệnh thường không ăn, nên dù có sử dụng thuốc đặc trị cũng không hiệu quả khi chúng đã mắc bệnh. Vì vậy phòng bệnh luôn được đặt lên hàng đầu trong công tác quản lý và chăm sóc đàn cá nuôi.

+ Thiết kế xây dựng các trạm, trại nuôi cá: Địa điểm thiết kế xây dựng các trạm trại ao nuôi cá hoặc đặt lồng nuôi cá, trước tiên nguồn nước phải có quanh năm và nước sạch không độc hại với cá. Không có các nguồn nước thải đổ vào, nhất là nước thải các nhà máy công nghiệp để tránh cá khỏi bị dịch bệnh và chết ngạt bởi thiếu oxy.

+ Xây dựng hệ thống công trình nuôi cá: Giữa các ao nên có hệ thống mương dẫn nước vào thoát nước ra độc lập. Mỗi khi có một ao bị bệnh sẽ dễ dàng cách ly không lây nhiễm bệnh cho các ao khác. Nên sử dụng một diện tích nhất định để chứa bùn ao sau mỗi chu kỳ nuôi, ngăn chặn các mầm bệnh lan truyền ra xung quanh.

+ Cải tạo ao trước khi ương nuôi cá: Tháo cạn, vét bùn, phơi khô và khử trùng ao với mục đích diệt dịch hại và sinh vật cạnh tranh, vi sinh vật gây bệnh… Có thể dùng vôi tả vẩy đều đáy ao (7-10 kg/100m2). Sau 1 ngày dùng cào đảo đều vôi vào bùn rồi tiếp tục phơi nắng ít nhất 1 tuần mới cho nước vào ao nuôi và thả cá. Một số ao quá trũng không tháo cạn được thì cho vôi xuống ao còn đầy nước, nếu nước sâu 1m, dùng khoảng 200 - 220 kg vôi/ha.

Đối với lồng bè nuôi cá, kích lồng lên cao và có thể dùng nước vôi loãng, quét trong và ngoài để khử trùng. Dùng vôi khử trùng ao không những tiêu diệt được mầm bệnh mà còn có tác dụng cải tạo đáy ao cung cấp Ca++, nâng và ổn định pH của nước, làm giàu chất dinh dưỡng trong môi trường nuôi.

+ Vệ sinh môi trường nuôi: Trong quá trình nuôi cá thương phẩm thức ăn thừa và phân cá đã gây ô nhiễm môi trường nuôi, đặc biệt là thời gian cuối chu kỳ nuôi. Những sản phẩm khí độc như H2S, NH3 ảnh hưởng trực tiếp đến sức khoẻ của cá nuôi. Biện pháp dùng hệ thống sục khí để tăng cường hàm lượng oxy hoà tan trong ao, đặc biệt là tầng đáy, tạo điều kiện cho vi sinh vật hiếu khí phát triển sẽ làm giảm thiểu lượng khí độc trong ao.

 Sục khí mạnh cũng sẽ làm các khí độc thoát ra khỏi ao, đồng thời gom các chất thải trong ao vào một nơi nhất định, giúp si phông đáy rút các các chất thải ra khỏi ao nuôi tốt hơn. Lồng nuôi cá hàng tuần phải vệ sinh trong và ngoài lồng để cho nước lưu thông.

Ngoài ra có thể vệ sinh môi trường nước nuôi cá thường xuyên bằng vôi bột tuỳ theo pH của nước ao. Nếu pH 8,5 dùng bột đá vôi(1kg/100m3) để bón. Trong lồng nuôi cá thường xuyên treo túi vôi với liều lượng 2 - 4kg/10m3 lồng. Hoặc thuốc tím (KMnO4) nồng độ 2 -5gr/m3 hay Benzalkonium Chloride (BKC) nồng độ từ 0,1 - 0,5 gr/m3 để oxy hoá các khí độc (H2S, NH3) thành các vật chất đơn giản không độc.

* Chú ý: Có thể dùng một số chế phẩm vi sinh để cải thiện môi trường nuôi cá, nhưng phải tìm hiểu rõ nguồn gốc và tác dụng của chúng.

+ Khử trùng cơ thể cá: Nguồn cá giống thả vào thuỷ vực cần tiến hành kiểm dịch. Thường dùng phương pháp tắm cho cá, bằng các loại thuốc sau: Muối ăn NaCl 2 - 4% thời gian 5 - 10 phút hoặc CuSO45H2O (phèn xanh) 2 - 5ppm thời gian 5 - 15 phút hay Xanh Malachite 1 - 4ppm thời gian 30 - 60 phút, Formalin 200 - 300ppm thời gian 30 - 60 phút hoặc phun xuống ao một trong các loại thuốc trên, nồng độ giảm đi 10 lần.

+ Khử trùng thức ăn và nơi cá đến ăn: Thức ăn là động vật nên rửa sạch và dùng thức ăn còn tươi, tốt nhất là nấu chín. Phân hữu cơ cần ủ với 1% vôi sau đó mới sử dụng. Thức ăn thừa phải vớt bỏ, rửa sạch máng ăn và thường xuyên khử trùng địa điểm cho ăn. Tốt nhất thường xuyên dùng vôi nung hoặc Clorua vôi treo 2 - 3 túi xung quanh chỗ cho ăn để tẩy trùng. Liều lượng 2 - 4 kg vôi nung/túi hoặc 100 - 200gr Clorua vôi/túi.