Khi sử dụng thuốc, hóa chất trong nuôi trồng thủy sản cần hết sức thận trọng, chính xác và phải tuân thủ theo những nguyên tắc nhất định. Cần hạn chế sử dụng kháng sinh trong phòng bệnh cho cá để tránh hiện tượng nhờn thuốc và ảnh hưởng dư lượng thuốc kháng sinh tồn dư trong sản phẩm. Loại thuốc, cách sử dụng thuốc tùy theo loại bệnh và tình hình bệnh. Nên sử dụng thuốc theo sự hướng dẫn của người có chuyên môn về thú y thủy sản không được dùng dựa trên kinh nghiệm, đặc biệt không dùng các loại thuốc, hóa chất không có trong danh mục cho phép hay những thuốc, hóa chất cấm sử dụng.