Trong ao có nhiều cá rô phi tạp chỉ có thể xử lý bằng phương pháp thủ công là kéo toàn bộ cá trong ao và lọc cá rô phi tạp. Tiến hành kéo và lọc cá vào lúc trời mát để đảm bảo sức khỏe cho cá. Khi lọc cá cần nhiều người để đảm bảo thời gian lọc ngắn nhất, kéo dài không quá 4 giờ. Trước khi lọc, cho cá nhịn ăn khoảng 2 ngày. Cá rô phi tạp cạnh tranh thức ăn trực tiếp với các loài cá nuôi trong ao dẫn đến tiêu tốn thức ăn, không đủ thức ăn cho các đối tượng nuôi chính. Trong lượng cá rô phi tạp thường có kích thước thương phẩm nhỏ, giá trị kinh tế thấp. Vì vậy, ao nuôi quá nhiều rô phi tạp thường sẽ bị lỗ. Để tránh hiện tượng này, sử dụng lưới có kích thước mắt lưới 100 mắt/1 cm để chắn trứng cá rô phi tạp khi lấy nước vào ao nuôi.