Trên thực tế, việc nuôi vịt trên mặt nước nuôi cá làm môi trường nước dễ bị ô nhiễm, tảo lam phát triển mạnh, độ trong của nước rất thấp. Do vậy ảnh hưởng trực tiếp đến sự hô hấp của cá nuôi do thiếu ôxy. Cùng đó, môi trường ô nhiễm là mối nguy cho sự phát triển của mầm bệnh do vi khuẩn, virus. Cá nuôi thường xuyên xuất hiện bệnh: đốm đỏ, xuất huyết, thối mang… Nếu nuôi theo mô hình này, chỉ nuôi vịt với mật độ tối đa 150 con/ha, trong độ sâu mực nước tối thiểu là 1,2 m. Trong quá trình nuôi, nên xử lý nước bằng các chế phẩm vi sinh, tăng cường cấp ôxy cho ao nuôi. Tăng cường sức đề kháng cho cá bằng cách bổ sung vitamin, khoáng.