Quy trình vệ sinh, sát trùng chuồng trại và dụng cụ chăn nuôi cần trải qua 5 bước như sau:

Bước 1 - Làm sạch chất hữu cơ trước khi rửa, sát trùng: hầu hết các thuốc sát trùng không hiệu quả nếu dụng cụ được sát trùng không sạch sẽ. Đất, rơm, trấu, sữa, máu, phân gây bất hoạt thuốc sát trùng.

Bước 2 - Rửa sạch bằng nước: sau khi làm sạch chất hữu cơ thì tiến hành rửa sạch bằng nước. Đối với dụng cụ, sàn, vách ngăn… bị chất bẩn bám chặt bề mặt lâu ngày, cần ngâm nước 1-3 ngày trước khi rửa. Đối với một số chỗ khó rửa, phải dùng vòi xịt áp suất cao bằng hơi.

Bước 3 - Tẩy bằng xà phòng, nước vôi hoặc thuốc tẩy: dùng xà phòng, nước vôi 30% hoặc thuốc tẩy rửa.

Bước 4 - Sát trùng bằng thuốc sát trùng: dùng thuốc sát trùng với liều lượng phù hợp. Lưu ý thời hạn dùng thuốc và thời hạn dùng dung dịch thuốc sát trùng đã pha loãng, đảm bảo đủ thời gian cho thuốc tiếp xúc với dụng cụ được sát trùng theo hướng dẫn của nhà sản xuất. Kiểm tra pH nguồn nước để pha loãng (nước cứng sẽ giảm hoặc làm mất tác dụng của thuốc sát trùng), dùng nước có nhiệt độ phù hợp để pha loãng thuốc. Khi phun thuốc sát trùng, cần mặc quần áo bảo hộ.

Bước 5 - Để khô: sau khi khử trùng bằng thuốc, cần phải để khô dụng cụ và trang thiết bị. Với chuồng nuôi, thời gian để khô trước khi thả gia súc, gia cầm vào là 1-2 ngày, không được để khô dưới 12 giờ.