Nhìn chung đất phèn trồng lúa có chứa hàm lượng chất hữu cơ cao hơn nhiều loại đất khác nhưng vẫn rất cần bón phân hữu cơ. Vì chất hữu cơ có tác dụng như chất đệm ở trong đất, làm cho đất không chua thêm nhiều, ngay cả khi khô nước. Nhưng chú ý không bón các loại phân hữu cơ còn tươi. 

Phân hữu cơ còn tươi là phân hữu cơ chưa hoai mục. Phân này khi bón vào đất sẽ tiếp tục bị vi sinh vật phân giải và sản sinh ra một lượng axit hữu cơ khá lớn, làm đất chua thêm. Đối với phân xanh cũng tương tự như vậy.

Tùy thời gian gieo cấy mà quyết định có nên bón các loại phân xanh hay phân hữu cơ chưa hoai mục cho đất phèn hay không. Nếu đất phèn đang bỏ hóa một hai vụ mới gieo cấy thì có thể bón được, còn nếu bón phân xanh rồi gieo cấy ngay thì hoàn toàn không nên. Lúa có thể bị chết hàng loạt do nguyên nhân đã nói ở trên.