Có rất nhiều nguyên nhân làm cho gà chậm phát triển và bị còi cọc, gọi chung là hội chứng còi cọc ở gà. Hội chứng còi cọc và chậm lớn có thể xảy ra từ khi gà mới nở, do lấy nhiễm từ mẹ cho đến giai đoạn 2-3 tuần tuổi hoặc trong các giai đoạn gà lớn hơn. Nếu gà nhiễm từ lúc mới nở hoặc trước giai đoạn 2-3 tuần tuồi thì gà sẽ bị còi cọc suốt đời. Nếu gà bị nhiễm trong giai đoạn lớn hơn 3 tuần tuổi thì gà sẽ chậm lớn, thời gian nuôi sẽ kéo dài. Tỉ lệ gà trong đàn thay đổi tuỳ theo qui mô nuôi và cách chăm sóc nuôi dưỡng, có khi tỉ lệ còi lên đến 20 % tổng đàn.

Một số nguyên nhân gây còi cọc thường gặp như sau:

Do virus và vi khuẩn: có nhiều nhóm virus và vi khuẩn gây nên, trong đó có virus gây viêm ruột mãn tính và những tác động khác làm cho gà phát triển không bình thường, đây là nguyên nhân phổ biến nhất.

Độc tố nấm mốc trong thức ăn.

Gà bị nhiễm nấm đường tiêu hoá.

Để phòng ngừa và khắc phục hội chứng còi cọc ta cần thực hiện tốt qui trình vệ sinh, sát trùng chuồng trại và bổ sung những chất giúp gà tăng sức kháng bệnh trong suốt thời gian nuôi, kiểm soát tốt nguồn thức ăn và thường xuyên theo dõi độ đồng đều của gà để can thiệp kịp thời khi trong đàn co gà còi. Những gà còi phải được tách riêng, nuôi với chế độ thức ăn tốt và đầy đủ, bổ sung những vitamin và khoảng thiết yếu, nhất là vitamin E và selenium (selplex 50). Cần loại bỏ những gà quá còi, vì những gà này sẽ trở thành tác nhân truyền bệnh cho những gà khác trong đàn và những đàn nuôi sau đó.