Sử dụng chế phẩm sinh học trong nuôi thủy sản là hướng đi có ý nghĩa thực tiễn nhằm bảo vệ môi trường bền vững; hạn chế dịch bệnh xảy ra; an toàn vệ sinh thực phẩm và đảm bảo hiệu quả sản xuất. Từ đó, góp phần đưa nghề nuôi thủy sản phát triển bền vững. 

Thuật ngữ chế phẩm sinh học (probiotics) hay còn gọi là men vi sinh thường được định nghĩa là các vi khuẩn có lợi cho vật chủ. Theo Fuller (1989), chế phẩm sinh học là sự bổ sung một loại thức ăn vi sinh vật sống có tác dụng có lợi cho vật chủ qua việc cải tiến sự cân bằng vi sinh hệ trong đường ruột của vật chủ.

Thực tiễn những năm gần đây đã chứng minh được vai trò quan trọng của chế phẩm sinh học: Phân giải thức ăn dư thừa và chất thải giúp đáy ao sạch, cải thiện môi trường ao; Cung cấp vi khuẩn có lợi nhằm cạnh tranh thức ăn với vi khuẩn hại giúp giảm nguy cơ bùng phát dịch bệnh và tỷ lệ sống sót cao hơn; Tạo nguồn thức ăn tự nhiên khiến hệ số chuyển đổi thức ăn thấp; Giảm ức chế cho tôm, tôm sẽ đề kháng bệnh tốt hơn.

Hiện nay, trong nuôi trồng thủy sản đã ứng dụng nhiều công nghệ nuôi bằng chế phẩm sinh học như nuôi thâm canh theo công nghệ Biofloc. Biofloc cung cấp hai vai trò quan trọng là xử lý chất thải hữu cơ và là nguồn dinh dưỡng tốt cho cá, tôm sử dụng. Chất lượng dinh dưỡng của biofloc rất tốt cho cá nuôi, nhưng chúng lại biến động. Hàm lượng protein khô trong biofloc chiếm khoảng 25 - 50%, phần lớn nằm trong khoảng 30 - 45%. Chất béo chiếm 0,5 - 15%, thông thường 1 - 5%. Biofloc khô có thể dùng để thay thế bột cá hoặc bột đậu tương trong thức ăn thủy sản. Chất lượng dinh dưỡng của biofloc khô rất tốt, nhiều thử nghiệm cho thấy có thể thay thế đến 30% protein trong thức ăn thủy sản. Nhưng, biofloc khô không thể thay thế nguồn protein từ động vật hay thực vật vì không thể cung cấp đủ số lượng lớn biofloc khô cho sản xuất thức ăn.

Tuy nhiên, sử dụng chế phẩm sinh học nếu không đúng cách sẽ gây một số tác dụng ngược trong quá trình nuôi. Đặc biệt, đã dùng chế phẩm sinh học cần chú ý đến vấn đề dùng các chất khử trùng. Hiện, trên thị trường có hàng nghìn sản phẩm hóa chất, chế phẩm dùng trong xử lý, cải tạo môi trường nuôi thủy sản, có loại nằm trong danh mục cho phép, có loại đang thử nghiệm, có loại nhập lậu...; Vì vậy, người nuôi cần có sự phân biệt sản phẩm nào tốt, tham khảo hướng dẫn sử dụng của các nhà khoa học.

Có 3 dạng chế phẩm sinh học phổ biến là: dạng bột, dạng nước, dạng viên. Xác định mục đích sử dụng chế phẩm sinh học để lựa chọn sản phẩm phù hợp.

Ngoài ra, để sử dụng được sản phẩm an toàn cũng như chất lượng, bà con có thể tự sản xuất chế phẩm sinh học. Mật rỉ đường là phế phẩm trong nông nghiệp, được chứng minh sử dụng trong thủy sản mang lại nhiều lợi ích. Thông thường, sử dụng 1 gói vi sinh làm giống kết hợp 5 kg mật đường cùng với 50 lít nước, tiến hành ủ ít nhất 4 - 10 tiếng, sau đó có thể sử dụng tạt xuống ao. Đối với ao nuôi thâm canh, nên định kỳ sử dụng 3 - 5 ngày/lần, ao bán thâm canh 5 - 7 ngày/lần và ao siêu thâm canh có thể 1 - 3 ngày/lần. Thời điểm bón tốt nhất thời gian trời mát (8 - 10 giờ sáng; 16 - 18 giờ chiều, không bón trời đang mưa và từ 13 - 15 giờ chiều).