Xử lý rơm ra làm công đoạn đầu tiên và là một trong những khâu quan trọng quyết định đến hiệu quả làm nấm rơm, bới xử lý rơm rạ đúng quy cách sẽ cho ra nguyên liệu tốt nhất cho bắt đầu quy trình làm nấm

Chọn loại rơm rạ đã phơi khô và chưa bị mốc, chưa bị nhũn nát. Không  phơi rơm rạ ở ven đường quốc lộ bị nhiễm bẩn bởi cát bụi.

Tạo bể ngâm rơm rạ và cho vào bể nước sạch để hoà với vôi ướt. Cứ 1 tấn rơm rạ thì dùng 20 kg vôi ướt. Ngâm rơm rạ ngập trong nước vôi khoảng 3 - 5 phút, nguyên liệu chuyển sang màu vàng nhạt thì vớt ra để trên giá gỗ hay giá tre cho róc nước khoảng 3 - 5 phút.

Có thể tham khảo một số cách xử lý rơm rạ khác như sau:

1. Rơm rạ - 500 kg; super lân - 5 kg; cám gạo - 10 g ; vôi - 1,5 kg. Ngâm ngập nước trong 24 giờ rồi vớt ra để ráo.

2. Rơm rạ  -  1000 kg; vôi - 30 kg; nước đủ ngập; ngâm 20 - 30 phút, vớt ra để ráo.

3. Nước chứa 1% vôi ướt. Ngâm rơm rạ, vừa ngâm vừa dặm sơ cho rơm rạ đủ thấm nước (đổi màu), vớt ra để ráo.

4. Nước chứa vôi (5% so với rơm rạ), ngâm rơm rạ 18 - 20 giờ, vớt ra để ráo, sau đó trộn thêm 2 - 3% (so với rơm rạ) vôi bột hoặc bột nhẹ; 0,5 % urê; 1% amôn sunphát ; 1 - 2% supe lân. Ủ đóng cho lên men 7 - 10 ngày, trong thời gian này có đảo 2 - 3 lần.

5. Hoà 10 kg vôi vào 4000 lít nước, ngâm 1 tấn rơm rạ khô trong 30 phút. Sau đó vớt ra để cho ráo nước.

6. Rơm rạ khô trải lên trên sân gạch hay sân xi măng thành lớp dày 10 cm. Rắc 1  lớp vôi bột lên trên. Tiếp tục rải rơm rạ khác lên trên (10 cm), rồi lại rắc vôi bột… Lượng vôi bột cho sử dụng là 20 kg/1 tấn rơm rạ khô. Dùng bình có vòi sen tưới đẫm nước trên cả khối rơm rạ; đảo đều cho vôi và nước thấm đủ vào rơm; tiếp tục tưới và đảo trong vòng 60 phút. Sau đó đem rơm rạ xếp thành đống cao khoảng 1,5 mét và ủ trong vòng 4 ngày; phủ màn PE hay phủ nilon bên ngoài. Sau 3 ngày dở ra, đảo đều lên rồi lại xếp chặt thành đống và ủ tiếp trong vòng 3 ngày nữa. Đống ủ sẽ lên men nhiệt độ tăng cao, rơm mềm ra nhờ đó có sự phân huỷ chất xơ của một số vi sinh vật ưa nhiệt (chủ yếu là xạ khuẩn). Cũng có thể cây thêm chế phẩm xạ khuẩn ưa nhiệt để nâng cao hiệu quả của quá trình xử lý rơm rạ.

7. Bó rơm rạ thành từng bó vào bể ngâm nước 6 -8 giờ vớt ra sân gạch, dùng chân đi ủng dẫm lên cho nước chảy đi còn rơm rạ thì mềm đi.

Cũng có thể dùng tay để vắt tùng bó rơm rạ sao cho lượng nước có trong rơm rạ còn vào khoảng 70 - 80 %.