Theo các tài liệu của các viện nghiên cứu chuyên ngành trong và ngoài nước thì bệnh lem lép hạt trên lúa do rất nhiều nguyên nhân như:

- Do nhện gié: nhện gié thường sống trong các bẹ lá lúa. Khi mật độ cao chúng có thể bò lên trên bông lúa chích hút các gié lúa đang phát triển. Các bông lúa bị hại thường mọc thẳng đứng và phần lớn số hạt đều bị lép.

- Do vi khuẩn Pseudomonas glumae (hay Bukhoderia glumae), vi khuẩn này làm thối đen hạt hoặc gây vết bệnh trên vỏ hạt.

- Do các loại nấm: Alternaria padwickii, Bipolaris oryzae, Fusarium sp, Curvularia lunata, Microdochium oryzae, Phoma sp, Pyricularia oryzae, Sarocladium oryzae, Septoria sp, Tilletia barclayana, Ustilagonoides virens…

Theo thống kê hiện nay có đến 12 loại nấm khác nhau gây nên loại bệnh này trên hạt lúa và đây chính là nguyên nhân gây lem lép hạt quan trọng nhất. Nấm có thể bám trên vỏ trấu hạt lúa sau khi thu hoạch, lưu tồn và tiếp tục gây hại làm hạt bị lem; đây cũng là nhân tố lưu truyền bệnh trên giống. Trên các chân đất ruộng nhiễm phèn, nhiễm mặn thì các bệnh gạch nâu, đốm nâu sẽ phát triển mạnh và cũng làm cho hạt lúa bị lem lép về sau. Cỏ dại trong ruộng lúa cũng là ký chủ cho nấm bệnh phát triển và phát tán cho ruộng lúa. Ngoài ra, các loại sâu bệnh tấn công lúa vào giai đoạn đòng trổ như bệnh đạo ôn cổ bông, rầy nâu, sâu cuốn lá nhỏ, bọ xít cũng làm gia tăng bệnh lem lép hạt. Lem lép hạt làm ảnh hưởng đến năng suất và chất lượng hạt lúa, đồng thời tác hại vào vụ sau.

Thời kỳ cây lúa dễ mẫn cảm với bệnh là từ trỗ bông đến chín sữa và rơi vào những tháng có nhiệt độ thấp, ẩm độ không khí cao, lượng mưa lớn và số ngày mưa nhiều. Trên thực tế hầu như không có giống lúa nào, chân ruộng nào, ở thời vụ nào mà không có bệnh lem lép hạt gây hại chỉ ở mức độ ít hay nhiều.

Biện pháp phòng trừ

● Chọn giống sạch bệnh, tuyệt đối không dùng giống ở những ruộng có biểu hiện bệnh lem lép hạt.

● Trước khi ngâm ủ, sạ lúa phải phơi khô, rê sạch để loại bỏ những hạt lép lửng, biến màu và sau đó xử lý hạt giống. Sử dụng thuốc Carban 50SC; hoạt chất Benomyl (Viben 50BTN), Carbendazim (Vicarben 50HP) nồng độ 3‰ cho hạt lúa giống đã phơi khô rê sạch vào ngâm trong 24 – 36 giờ, sau đó vớt ra rửa sạch, sau đó ủ bình thường.

● Chọn mùa vụ thích hợp sao cho khi trỗ không trùng với thời kỳ mưa gió nhiều và khi lúa làm đòng, trỗ bông không nên để ruộng lúa bị khô hạn.

● Bón phân đầy đủ, cân đối sao cho khi trỗ không trùng với thời kỳ mưa gió nhiều và khi lúa làm đòng, trỗ bông không nên để ruộng lúa bị khô hạn.giúp cây lúa khỏe, không đổ ngã và tăng khả năng chống chịu đối với sự tấn công của nấm bệnh.

● Biện pháp xử lý bằng thuốc hóa học vẫn được xem là biện pháp hiệu quả nhất trong việc phòng trị bệnh lem lép hạt. Trong việc dùng thuốc phải chú phun thuốc phòng bệnh là tốt nhất, để khi bệnh đã xâm nhập vào hạt lúa rồi thì việc phun thuốc trị bệnh sẽ cho hiệu quả thấp, phải phun đi phun lại nhiều lần rất tốn kém. Việc chọn lựa đúng loại thuốc và thời điểm phun thuốc cũng rất quan trọng. Hiện nay thuốc Tilt Super 300EC vẫn là loại thuốc có hiệu quả nhất cho việc phòng trị bệnh này cũng như bảo vệ cho hạt lúa chắc, sáng. Ngoài ra có rất nhiều loại thuốc hoá học phòng trị các loại nấm gây bệnh như: Vicarben 50HP (hoạt chất Carbendazim), Vivil 5SC (hoạt chất Hexaconazole), Vixazol 275SC (hoạt chất Carbendazim + Hexaconazole), Vitin-New 250EC (hoạt chất Propiconazole), Viroval 50BTN (hoạt chất Iprodione), Workup 9SL (hoạt chất Metconazole).