Chương III: Điều kiện bảo đảm an toàn đối với thực phẩm, gồm 9 Điều (từ Điều 10 đến Điều 18). Chương này quy định: thực phẩm bên cạnh bảo đảm các điều kiện chung còn phải bảo đảm thêm một số điều kiện riêng (đối với từng nhóm thực phẩm cụ thể như thực phẩm tươi sống, thực phẩm đã qua chế biến, thực phẩm tăng cường vi chất dinh dưỡng...). 

Chương IV: Điều kiện bảo đảm an toàn trong sản xuất, kinh doanh thực phẩm, gồm 15 Điều (từ Điều 19 đến Điều 33). Chương này quy định riêng đối với cơ sở sản xuất, kinh doanh thực phẩm nhỏ lẻ và giao Bộ chuyên ngành quy định điều kiện cho từng loại hình cho phù hợp và khả thi; có một mục riêng quy định về điều kiện bảo đảm an toàn trong kinh doanh thức ăn đường phố.

Chương V: Chứng nhận cơ sở đủ điều kiện an toàn thực phẩm trong sản xuất, kinh doanh thực phẩm, gồm 4 Điều (từ Điều 34 đến Điều 37). Điểm khác biệt của Chương này so với Pháp lệnh là Giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện an toàn thực phẩm có hiệu lực trong thời gian 3 năm; trước 6 tháng tính đến ngày Giấy chứng nhận hết hạn, tổ chức, cá nhân sản xuất, kinh doanh thực phẩm phải nộp hồ xin cấp lại Giấy chứng nhận trong trường hợp tiếp tục sản xuất, kinh doanh (theo Pháp lệnh Giấy này không có thời hạn).

Chương VI: Xuất khẩu và nhập khẩu thực phẩm, gồm 5 Điều (từ Điều 38 đến Điều 42). Chương này đưa ra các quy định chặt chẽ hơn về điều kiện an toàn đối với thực phẩm xuất khẩu, nhập khẩu.

Chương VII: Quảng cáo và ghi nhãn thực phẩm, gồm 2 Điều (từ Điều 43 đến Điều 44). Chương này đưa ra các quy định về nội dung quảng cáo thực phẩm, chỉ được tiến hành quảng cáo thực phẩm khi đã được thẩm định nội dung và chỉ được quảng cáo đúng nội dung đã được xác nhận.

Chương VIII: Kiểm nghiệm thực phẩm, phân tích nguy cơ đối với an toàn thực phẩm, phòng ngừa, ngăn chặn và khắc phục sự cố về an toàn thực phẩm, gồm 11 Điều (từ Điều 45 đến Điều 55). Chương này quy định phải tiến hành các hành động phân tích nguy cơ đối với an toàn thực phẩm bao gồm: đánh giá nguy cơ, quản lý nguy cơ và truyền thông về nguy cơ. Đồng thời, quy định rõ trách nhiệm của các tổ chức, cá nhân sản xuất, kinh doanh thực phẩm và trách nhiệm của cơ quan nhà nước có thẩm quyền trong việc truy xuất nguồn gốc, thu hồi và xử lý đối với thực phẩm không an toàn.

 Chương IX: Thông tin, giáo dục truyền thông về an toàn thực phẩm, gồm 5 Điều (từ Điều 56 đến Điều 60). Chương này quy định về mục đích, yêu cầu, nội dung, đối tượng tiếp cận, hình thức và trách nhiệm trong thông tin giáo dục truyền thông an toàn thực phẩm.

Chương X: Quản lý Nhà nước về an toàn thực phẩm, gồm 10 Điều (từ Điều 31 đến Điều 70). Chương này đã phân công trách nhiệm quản lý nhà nước cho 3 Bộ: Bộ Y tế, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Bộ Công thương. Đồng thời, quy định cụ thể hơn trách nhiệm quản lý nhà nước về an toàn thực phẩm cho Uỷ ban Nhân dân các cấp. Bộ Y tế chịu trách nhiệm trước Chính phủ thực hiện quản lý nhà nước về an toàn thực phẩm nên Bộ Y tế có trách nhiệm thanh tra, kiểm tra đột xuất đối với toàn bộ quá trình sản xuất, nhập khẩu, kinh doanh thực phẩm thuộc phạm vi quản lý của các bộ khác khi cần thiết.

Chương XI. Điều khoản thi hành gồm 2 Điều (từ Điều 71 đến Điều 72). Pháp lệnh Vệ sinh An toàn Thực phẩm số 12/2003/PL-UBTVQH11 ngày 26 tháng 7 năm 2003 sẽ hết hiệu lực kể từ ngày Luật An toàn thực phẩm có hiệu lực./.