1. Bệnh đóng dấu

Bệnh đóng dấu thường xảy ra khi lươn bị xây xát, khi đó các vi khuẩn, ký sinh trùng sẽ bám vào vết thương và sinh sống, phát triển dần thành những vết loét lớn. Khi bị bệnh trên mình lươn xuất hiện những vết hình tròn hoặc bầu dục màu đỏ xen lẫn các vùng da lở loét. Nếu bệnh nặng, đuôi lươn sẽ bị rụng, bơi lội khó khăn, đầu lươn thường ngóc lên khỏi mặt nước để thở, lươn mệt mỏi, yếu dần rồi chết, bệnh này thường xảy ra vào tháng 5 - 9 hàng năm. Phòng bệnh bằng cách nuôi với mật độ thích hợp, tắm lươn bằng muối ăn với nồng độ 200 - 300 g/10 lít nước trong 15 - 20 phút trước khi thả. Thường xuyên thay nước trong quá trình nuôi hoặc định kỳ 5 - 7 ngày tắm lươn bằng KMnO4, liều lượng 3 - 5 g/m3 và hạn chế những tác động trực tiếp đến lươn, đặc biệt trong những thời điểm nắng nóng.

Trị bệnh bằng kháng sinh Streptomycin, trộn vào thức ăn với liều lượng 50 - 70 mg/kg lươn hoặc tắm với liều lượng 250 - 300 g/100 m3 nước, xử lý liên tục trong 5 - 7 ngày.

2. Bệnh tuyến trùng trên lươn

Nguyên nhân gây bệnh do ký sinh trùng đường ruột gây nên. Tuyến trùng có màu trắng, dài khoảng 1 cm, đầu bám vào niêm mạc phá hoại mô, hình thành bào nang gây viêm ruột sưng đỏ. Nếu bệnh nặng lỗ hậu môn lươn bị sưng đỏ, rối loạn tiêu hóa, lươn yếu, hậu môn sưng đỏ, lươn hoạt động yếu ớt, kiệt sức và chết dần. Để hạn chế lươn mắc bệnh này cần sử dụng thức ăn đảm bảo chất lượng. Định kỳ 3 - 5 ngày trộn men tiêu hóa vào thức ăn với lượng 5 - 10 g/kg thức ăn. Trị bệnh bằng các loại thuốc thú y thủy sản có tác dụng diệt nội ký sinh trùng, ví dụ như VimeClean trộn vào thức ăn cho lươn với lượng 1 kg/4 tấn lươn, cho ăn liên tục 3 ngày. Ngoài ra có thể sử dụng tỏi tươi, xay nhuyễn, kín trộn vào thức ăn với lượng 400 g/10 kg, cho ăn liên tục trong 3 - 5 ngày.

3. Bệnh nấm thủy mi

Bệnh do nấm ký sinh gây nên, những sợi nấm bám chặt vào da lươn hoặc trên bề mặt trứng lươn hút chất dinh dưỡng, làm lươn mất máu, yếu dần rồi chết. Bệnh thường xảy ra vào mùa lạnh. Khi bị bệnh trên thân lươn có các đám sợi hình bông bám. Để phòng bệnh cho lươn, cần sát trùng sạch sẽ bể nuôi và tắm lươn bằng muối ăn với nồng độ 2 - 3%.

Cách trị bệnh là sử dụng CuSO4 liều lượng 7 - 10 g/m3, hoặc Cenplex Cu, liều lượng 10 g/m3, tắm trong 15 - 20 phút, tắm liên tục trong 3 ngày. Bệnh sốt nóng

Bệnh sốt nóng thường bị trong điều kiện nuôi với mật độ nuôi dày, ôxy hòa tan thấp, thức ăn thừa làm môi trường nuôi ô nhiễm. Khi đó, lươn mất cân bằng sinh lý, cơ thể tiết nhiều dịch nhầy. Lươn có biểu hiện xáo động trong bể, cuốn nhau thành từng búi, đầu lươn sưng phồng to, chết hàng loạt. Để phòng bệnh  cần giữ môi trường nuôi luôn trong sạch bằng phương pháp định kỳ thay nước và xử lý nước bằng men vi sinh. Nâng cao mực nước trong trong bể, thả bèo, che mát để giảm và tránh hiện tượng phân tầng nhiệt độ nước.

Khi lươn có biểu hiện bị bệnh, sử dụng CuSO4 0,07% tạt xuống ao nuôi với liều lượng 5 ml/m3 nước. Nếu nước và bùn đất ô nhiễm nặng, lươn rúc xuống bùn chết nhiều cần vớt lươn ra khỏi ao, bể để thay nước và bùn đất.Bệnh xuất huyết nhiễm trùng máu

Khi bị bệnh, lươn có hiện tượng tụ máu, tấy đỏ trên vùng thân, đặc biệt là ở vùng bụng. Miệng sưng và đỏ tím, đôi khi thấy máu chảy ra ở miệng. Đuôi bị hoại tử, trên lưng có các vết thương, trên thân có nhiều khối u, mắt lồi, mờ đục. Lươn bơi không bình thường, chao đảo và thường ngóc lên mặt nước quẫy mạnh, sau một thời gian là chết. Bệnh được phòng và trị giống như bệnh đóng dấu.