Bệnh đốm nâu: sau khi nuôi 2-3 tháng trở đi, trên cơ thể tôm xuất hiện các đốm màu nâu và từ từ chuyển sang màu đen, thường xuất hiện ăn mòn các phần phụ như đuôi, chân bụng, râu, trên thân tôm. Tôm bị bệnh yếu, hoạt động chậm chạp, con bị nặng sẽ chết. Tác nhân gây bệnh chủ yếu do vi khuẩn Aeromonas hydrophila, Pseudomonas sp, Aeromonas sp... Khi tôm bị bệnh, người nuôi cần tiến hành thay dần nước ao, trộn thuốc Oxytetracyclin với nồng độ 0,1g/kg thức ăn, cho ăn ngày 1 lần trong 5-10 ngày. Để kiểm soát phòng ngừa bệnh đốm nâu ở tôm càng xanh, người nuôi cần cải thiện môi trường nuôi thông qua sự chăm sóc, quản lý và cho tôm ăn đầy đủ chất dinh dưỡng. Đáy ao phải bằng phẳng, tăng cường chỗ trú ẩn cho tôm, hạn chế tối đa sự tụ tập của tôm, tránh hiện tượng ăn thịt lẫn nhau, giữ chất lượng nước ao luôn tốt.
Bệnh đóng rong: thường xuất hiện vào tháng nuôi thứ 3 trở đi. Khi quan sát trên vỏ tôm có bám nhiều rong, tỷ lệ khoảng trên 10%. Nguyên nhân gây bệnh chủ yếu do nguồn thức ăn thiếu dinh dưỡng, làm cho thời gian lột xác kéo dài. Cần bổ sung thức ăn có dinh dưỡng cao hơn giúp tôm nhanh lột xác.
Bệnh mềm vỏ: thường xuất hiện trong nuôi tôm càng xanh thâm canh. Tôm lột xác xong vỏ chậm cứng kéo dài 5-6 giờ, bình thường sau khi lột 1-2 giờ là vỏ cứng. Hiện tượng này xảy ra do nguồn nước cấp có độ cứng thấp, trong thức ăn thiếu hụt canxi và phospho. Bón CaCO3 liều lượng 200-300kg/ha ao giúp tôm lột xác nhanh cứng vỏ./