Hầu hết các khảo sát kinh nghiệm về quản lý và thực hiện mô hình hợp tác công tư (PPP) cho đổi mới trong lĩnh vực thực phẩm và nông nghiệp đều liên qua đến việc thực hiện PPP tại các nền kinh tế mới nổi và đang phát triển. Tuy nhiên, hầu hết các khuyến nghị cũng phù hợp với các nền kinh tế phát triển, mặc dù một số khía cạnh, chẳng hạn như sự cần thiết phải nâng cao năng lực của tất cả các đối tác và đánh giá tác động xã hội, có thể đòi hỏi các cách tiếp cận khác nhau được thích nghi với ngữ cảnh địa phương.

Ngân hàng Thế giới (World Bank, 2012) xác định năm nguyên tắc hướng dẫn thực hiện PPP cho đổi mới nông nghiệp:
• Tính rõ ràng của mục tiêu chính trị
• Đủ lợi ích tương hỗ tiềm năng
• Tính bổ sung (lợi ích bổ sung từ kinh phí công do PPP)
• Cạnh tranh và minh bạch trong việc lựa chọn đối tác
• Chia sẻ rủi ro và trách nhiệm.

Các nghiên cứu cũng chỉ ra tầm quan trọng của việc lựa chọn đúng đối tác với năng lực phù hợp, và xác định các bước cần thiết để thực hiện thành công các hợp đồng PPP, chiến lược thoái lui và tính bền vững, xây dựng năng lực, giám sát và đánh giá.

Các chiến lược tốt nhất của Ngân hàng Thế giới để thực hiện thành công các dự án hợp tác công-tư cho đổi mới nông nghiệp
Lựa chọn đúng đối tác với năng lực phù hợp: khu vực công cộng sẽ đánh giá các đối tác tiềm năng, sử dụng các tiêu chí tối thiểu liên quan đến khả năng tài chính, năng lực quản lý và khả năng có thể cung cấp các loại hàng hóa công cần thiết. Nông dân có thể cần hỗ trợ để trở thành đối tác hiệu quả. Các tổ chức nông dân thực hiện tốt hơn nếu họ có một mối quan tâm cụ thể và rõ ràng (ví dụ các hiệp hội chăn thả).

Đặt nền móng cho quan hệ hợp tác:
• Xác định một mục tiêu rõ ràng.
• Xác định rõ các tiêu chí mà một đối tác tư nhân phải đáp ứng để đủ điều kiện tham gia.
• Xác định sự đóng góp dự kiến từ mỗi đối tác (nguồn lực tài chính và nhân lực, thỏa thuận chia sẻ rủi ro, chia sẻ các đổi mới sáng tạo, tiếp cận thông tin nội bộ).
• Cung cấp thông tin minh bạch về các phương thức tài chính công và ra quyết định (số tiền, thủ tục và thời hạn).

Thiết lập hợp đồng, với các yêu cầu tối thiểu sau:
• Xác định từng kết quả dự kiến, các chỉ tiêu tương ứng và mục tiêu ràng buộc thời gian.
• Chỉ rõ các cam kết nguồn lực tương ứng, với một kế hoạch cung cấp tài chính và thực hiện chi tiết.
• Khung giám sát bao gồm các thỏa thuận cụ thể, và việc giám sát hợp đồng do một bên thứ ba thực hiện.
• Xác định các chiến lược thoái lui và các thỏa thuận tiếp theo.

Các chiến lược thoát lui và tính bền vững: Việc cung cấp hàng hóa công có thể yêu cầu sự hỗ trợ lâu dài của nhà nước hoặc có thể trở thành một phần của khái niệm marketing, trong trường hợp này việc thu hồi sự hỗ trợ công cần phải được dự tính trước. Đối với PPP cho đổi mới, chiến lược thoái lui được dựa trên cơ sở chuyển giao và áp dụng đổi mới. Nó thường bao gồm các thỏa thuận chia sẻ công nghệ và thông tin. Các dự án PPP chuyển giao việc cung cấp hàng hóa công cho các đối tác tư nhân đòi hỏi phải thể chế hóa các thỏa thuận hợp tác, ví dụ để thu phí người dùng.

Xây dựng năng lực: Việc tham gia của nông dân đòi hỏi họ phải thành lập một tổ chức đại diện và đào tạo kỹ năng trong các lĩnh vực khác nhau, chẳng hạn như quản lý, sản xuất và chế biến nông nghiệp, tiêu chuẩn chất lượng, công nghệ thử nghiệm, và cung cấp các dịch vụ môi trường theo yêu cầu.

Giám sát và đánh giá ở các cấp:
• Cấp dự án hoặc tiểu dự án: một bên thứ ba sẽ tiến hành so sánh các kết quả đạt được với các mục tiêu, sử dụng các thủ tục và các chỉ tiêu đã thỏa thuận trước;
• Cấp chương trình: để kiểm tra tính hiệu quả và hiệu suất của chương trình PPP về khía cạnh thành tích tổng hợp và tính hữu dụng cho người dùng mục tiêu; và giám sát việc sử dụng kinh phí;
• Cấp chính sách: để kiểm tra tác động đến nền kinh tế, hoặc các bộ phận, và những tác động xã hội và môi trường rộng lớn hơn.

Năm 2004, CGIAR 2 đã tiến hành một nghiên cứu kiểm kê một loạt các dự án hợp tác với các quỹ từ thiện tư nhân, các tổ chức nghiên cứu tư nhân, hiệp hội sản xuất, và các công ty trong nước, và soạn thảo một số báo cáo IFPRI (Hartwich et al, 2005 và 2007;. Spielman et al., 2007). Nghiên cứu bao gồm các dự án PPP cho các mục đích khác nhau: nguồn lực, bỏ thầu, nghiên cứu tiên phong, hoặc thương mại hóa. Báo cáo bao gồm một số khuyến nghị để đảm bảo PPP tạo ra những lợi ích tương hỗ. Theo nhiều nghiên cứu khác nhau, việc làm rõ các mục tiêu được coi là điều kiện đầu tiên để thành công. Như trong các nguồn tư liệu của Ngân hàng Thế giới, đánh giá và xây dựng năng lực được cho là có ý nghĩa quan trọng ở tất cả các cấp.

Ngoài những cân nhắc thông thường để tham gia hợp tác như lợi ích chung, lợi ích cao hơn chi phí của từng đối tác, sức mạnh tổng hợp thông qua hợp tác, và những lợi ích tỷ lệ thuận với đầu tư của đối tác, Hartwich et al. (2005 và 2007) đề cập đến sự vắng mặt của xung đột lợi ích (bao gồm cả các yếu tố bên ngoài).

Sáu yếu tố thành công đã được xác định trong các báo cáo:
• Xây dựng cơ sở để nhận dạng cơ hội, phân công vai trò và trách nhiệm
• Cam kết nguồn lực cho các hoạt động dự án và cả các nỗ lực phối hợp
• Thiết kế các cơ chế để tạo điều kiện trao đổi kiến thức và giải quyết xung đột
• Phát triển các tiêu chuẩn và các thời điểm quyết định để đánh giá tiến độ và lựa chọn tiếp tục hay chấm dứt
• Thành lập các chiến lược chính thức và không chính thức để quản lý và giảm thiểu rủi ro dự án
• Tiến hành phân tích rõ ràng những con đường tác động của các dự án đến đói nghèo.

Hartwich et al. (2007) cung cấp các phương án cụ thể và thiết thực để cải thiện chức năng hoạt động của PPP. Ví dụ, việc thành lập một ban chỉ đạo để giám sát các kế hoạch hợp tác có thể giúp xác định mối quan tâm chung. Tương tự như vậy, báo cáo phát hiện rằng quan hệ hợp tác thành công có một cơ sở pháp lý chính thức, đó có thể là một thỏa thuận bằng hợp đồng, một liên hiệp tạm thời hay sự thành lập một thực thể hợp pháp mới. Các tài liệu cũng vạch ra tầm quan trọng của thiết kế tổ chức (nhóm điều hành, ban đại diện, ban quản lý, mô hình quản lý) để tạo điều kiện cho việc ra quyết định.

Tầm quan trọng của kỹ năng quản lý kinh doanh (đặc biệt để giải quyết các vấn đề liên quan đến quyền SHTT) và sự cần thiết phải học hỏi thêm về cách quản lý và giảm thiểu rủi ro trong quan hệ hợp tác được chú trọng. Trong thiết kế mô hình hợp tác, việc hiểu được các tác động đói nghèo vẫn luôn là vấn đề trung tâm và liên tục trong quá trình đánh giá mục tiêu hợp tác. Trong khi có một phạm vi rộng các dự án có thể đáp ứng vấn đề này, nhưng quy mô đầu tư, theo nghiên cứu của CGIAR, có xu hướng vẫn còn khiêm tốn với ngoại lệ là các dự án công nghệ. Những dự án công nghệ có tiềm năng thương mại hóa cũng cần có thêm các thỏa thuận chính thức về quyền sở hữu và marketing các sản phẩm cuối cùng.

Một khảo sát đánh giá các nghiên cứu trường hợp của FAO về thực hiện PPP cho thấy ở châu Mỹ Latinh và châu Á, các chương trình PPP có xu hướng được thiết kế tốt hơn so với ở châu Phi, với các quy trình đấu thầu và đánh giá cơ bản đối với các đối tác tư nhân, được hỗ trợ bằng các nghiên cứu khả thi và kế hoạch kinh doanh (FAO, 2015). PPP cho đổi mới và các dự án chuyển giao công nghệ giải quyết mối quan tâm về an ninh lương thực, các vấn đề sâu hại và bệnh dịch, tác động biến đổi khí hậu, suy thoái môi trường và đói nghèo ở nông thôn và thất nghiệp. Các mô hình truyền thống thường định hướng vào sản xuất và thương mại hóa hạt giống. Các mô hình khác liên quan đến việc thương mại hóa các công nghệ quy mô nhỏ áp dụng cho các SME.

Các yếu tố thành công bao gồm mục đích được xác định rõ ràng cho quan hệ hợp tác chi phối bởi sự cần thiết phải giải quyết một vấn đề thị trường cấp bách, hoặc để trợ cấp công nghệ vì lợi ích xã hội trước khi đạt được chứng minh khái niệm. Các yếu tố khác bao gồm hoàn tất đàm phán hợp tác trong một khoảng thời gian ngắn để duy trì sự quan tâm của khu vực tư nhân, và đảm bảo các hợp đồng được thiết kế tốt, chỉ định rõ các đóng góp tài chính, trách nhiệm quản lý, kết quả đầu ra dự kiến, thỏa thuận quyền sở hữu rõ ràng đối với tài sản trí tuệ và các cơ chế giải quyết tranh chấp.

Trên quan điểm hệ thống đổi mới, Hall (2006) nhấn mạnh đến sự cần thiết phải xây dựng lòng tin giữa các đối tác và hiểu biết về nền văn hóa của nhau, và tư vấn về sự tham gia của các tác nhân thuộc khu vực tư nhân như là một phần của ủy ban cố vấn nhà nước và cơ cấu quản trị khác như một cách để bắt đầu xây dựng cầu nối. Ông cũng chỉ ra tầm quan trọng của quá trình học hỏi trong việc xây dựng các dự án PPP cũng như sự thích ứng với những thay đổi.