Tuy nhiên, vào mùa mưa, cây măng tây cũng rất dễ bị nấm bệnh xâm hại như những loài cây trồng khác. Những dấu hiệu về bệnh như: thối gốc rễ, thối nhũn vi khuẩn, tuyến trùng nốt sưng, tuyến trùng ngoại ký sinh, bạc lá đốm lá, đốm tím, mốc xám mốc xanh, thán thư, khô thân cành, vi-rút, nứt tét gốc, thân…

Cây măng tây chịu hạn rất tốt trong mùa nắng, nhưng dễ bị sốc nước trong mùa mưa. Mưa nhiều, kéo dài ngày làm cho độ ẩm trong đất tăng cao, tạo điều kiện thuận lợi cho các loại nấm phát triển. Nếu không kịp thời có biện pháp xới xáo đất, khai thông rãnh thoát, chống úng để chân đất ngập nước, măng tây sẽ bị ngộp, mất khả năng trao đổi chất i-on, không hấp thụ được dinh dưỡng. Úng nước kéo dài khiến bộ rễ thối nhũn, cây phát triển kém, dẫn đến mất khả năng cung cấp măng, lá héo úa từ từ rồi chết dần…

Đất trồng thiếu dinh dưỡng hữu cơ, thiếu vôi, làm độ pH đất và nước biến đổi (giảm dưới độ pH = 4.5 - 5.5), khiến môi trường đất lành mạnh bị đẩy lùi, tạo điều kiện cho các loại nấm bệnh, vi khuẩn, vi sinh phát triển, bao vây xâm hại bộ rễ. Từ đó, cây bị chùn ngọn, cong queo dị dạng, xoắn lá, vàng lá, thân cành héo úa, khô và chết hàng loạt…

Phải sử dụng phân đúng cách, cân đối liều lượng, chủng loại. Sử dụng thuốc bảo vệ thực vật đúng nguyên tắc “4 đúng”. Bởi, dùng liều quá thấp hoặc quá cao đều làm vô hiệu hóa tác dụng phòng trị bệnh của thuốc. Nếu chăm sóc vườn không đúng yêu cầu kỹ thuật, cắt tỉa cành nhánh bị nấm bệnh rồi bỏ trên mặt đất, khi môi trường lân cận và xung quanh vườn măng tây đang có dịch bệnh trên cây trồng sẽ làm ảnh hưởng lây lan. Bên cạnh đó, tình trạng thu hoạch cạn kiệt từ nhiều vụ thu hoạch trước khiến cây măng tây bị suy yếu, suy dinh dưỡng, mất sức đề kháng, rất dễ cho nấm bệnh xâm hại.