Hiện nay, phương pháp tiêu hủy gia cầm bị bệnh, ốm chết và nghi mắc bệnh cúm gia cầm (H5N1), được thực hiện theo văn bản hướng dẫn của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn số 3083/BNN-TY, ngày 25 tháng 11 năm 2005. Theo đó, toàn bộ số gia cầm bị bệnh, ốm chết và số gia cầm trong phạm vi phải tiêu hủy trong ổ dịch, vùng dịch được tiến hành tiêu hủy bằng một trong hai cách, đó là chôn và đốt gia cầm.

1. Chôn gia cầm:

Dùng bao nylon lớn hoặc bao tải dứa cho gia cầm vào, cột chặt miệng bao, phun thuốc sát trùng, chở đến nơi tiêu hủy.
Đào hố chôn sâu 2,5 – 3m, chiều dài và chiều rộng tùy theo số lượng đàn gia cầm cần tiêu hủy. Trải một lớp nilon trên toàn bộ bề mặt đáy và thành hố, đổ xác gia cầm xuống. Trước khi đổ, dùng dao rạch cho rách bao chứa gia cầm để dễ phân hủy. Phun thuốc sát trùng hoặc đổ vôi bột lên bề mặt lớp gia cầm và lên đất. Chú ý khoảng cách từ mặt trên lớp gia cầm đến miệng hố tối thiểu 1 – 1,5m, nện đất trên bề mặt thật chặt.

2. Đốt gia cầm:

Đốt xác gia cầm dưới hố bằng củi, than, xăng, dầu… sau đó lấp đất lại và nện chặt như cách chôn. Có thể đốt gia cầm bằng các lò đốt chuyên dụng.

- Đối với chất thải gia cầm (phân, rác…)

+ Đốt: nếu số lượng ít, thu gom toàn bộ phân rác, chất thải rắn, thức ăn thừa và vật dụng rẻ tiền để đốt ngay trên nền chuồng nuôi.

+ Chôn: chất thải được rắc vôi bột hoặc phun dung dịch sát trùng như Formon 3%, Cresyl 5%, Xút 2%... sau đó chôn sâu cách mặt đất từ 0,5 – 1m, dùng đất phủ kín bề mặt hố chôn và nén chặt.
- Đối với dụng cụ chăn nuôi, chuồng trống và đất xung quanh chuồng nuôi:

+ Đối với vật liệu rẻ tiền bị ô nhiễm thì nên đốt.

+ Đối với dụng cụ chăn nuôi khác nếu không thể đốt thì phun thuốc sát trùng (như Formon 3%, Cresyl 5%, Xút 2-3%...) lên toàn bộ bề mặt nền chuồng, sàn, bãi, tường, máng ăn, máng uống, trần, mái chuồng nuôi. Thuốc sát trùng phải được phun ướt toàn bộ bề mặt vật được sát trùng, khoảng 80 – 120ml/m2 diện tích và phun theo chiều từ cao xuống thấp. Có thể dùng các thuốc sát trùng khác có bán trên thị trường theo hướng dẫn của cán bộ thú y và liều lượng theo hướng dẫn của nhà sản xuất.

Sau 24 giờ, dùng nước rửa sạch nền và vật dụng, để khô và sát trùng lại lần thứ hai. Trước khi công bố hết dịch, toàn bộ khu vực chăn nuôi phải được tiêu độc khử trùng lần cuối. Nước rửa chuồng tập trung lại một chỗ, khử trùng trước khi thải ra ngoài bằng cách cho vôi vào để đạt nồng độ 10%.

+ Khu vực xung quanh chuồng nuôi phải được phát quang, thu gom dụng cụ, vật liệu phế thải để tiêu hủy, sau đó phun sát trùng như trên.